Das Wissen um die Wirksamkeit der Heilmittel stammt aus verschiedenen Quellen: aus der Toxikologie, aus der Beobachtung der Heilwirkungen an Kranken und aus den Arzneimittelprüfungen. Bei diesen nimmt eine gesunde Gruppe von Testpersonen eine Substanz nach genau festgelegten Regeln so lange ein, bis sich Befindensänderungen einstellen. Diese werden protokolliert. Aus einer Vielzahl von Protokollen wird der Wirkungsbereich eines Arzneimittels ermittelt und in einer Symptomenreihe zusammengefasst. Diese Symptomenreihen kann man in Arzneimittellehren (Materia medicae) nachlesen.

Bei der Anwendung der homöopathischen Arzneien ist auf eine vorsichtige, individuelle Dosierung und eine dem Krankheitszustand angepasste Wiederholung zu achten. Nur so kann verhindert werden, dass Verschlimmerungen auftreten und zur gewünschten Heilwirkung ungewünschte Symptome einer Arzneimittelprüfung hinzutreten. Nur ein erfahrener, gut ausgebildeter Therapeut ist in der Lage den Heilungsprozess richtig einzuschätzen. Um die praktische Anwendung der Arzneien zu ermöglichen, entwickelte Hahnemann ein Verfahren, das er Potenzieren nannte. Durch schrittweises Verdünnen und Verschütteln nach festgelegten Regeln werden die Arzneiausgangsstoffe (organische und anorganische Substanzen) zu gut verwendbaren Heilmitteln für die homöopathische Therapie. Bei vielen Arzneistoffen wird das vielfältige Wirkungsspektrum so erst verfügbar und ihre heilende Wirkung erhöht. Gifte können aufgrund dieses Verfahrens (Potenzieren) keine Vergiftung mehr hervorrufen. In der Klassischen Homöopathie werden immer Einzelmittel verordnet. Dies stellt sicher, dass die auftretenden Reaktionen eindeutig dem Arzneimittel zugeordnet werden können.

In der Homöopathie werden akute und chronische Krankheiten unterschieden. Dabei spielen der infektiöse Charakter und die erbliche Disposition von Krankheiten eine wichtige Rolle. Der Begriff chronische Krankheiten wird in der Homöopathie nicht im üblichen Sinn gebraucht. Er steht für Krankheiten, die der Körper nicht alleine ausheilen kann. Die chronische Krankheit bleibt unbehandelt ein Leben lang bestehen und kann in manchen Fällen vererbt werden. Hahnemann widmete mehrere Jahrzehnte seines Lebens der Erforschung der chronischen Krankheitenund entdeckte, dass ihnen drei Grundkrankheiten zugrunde liegen, die er Miasmen (Miasma = griechisch für Ansteckung) nannte.

Ein Organismus kann nur durch eine Erregungsursache beeinträchtigt werden, wenn er die nötige Disposition dazu hat. Ursachen sind z. B. Wetterlagen, Gemütserschütterungen, besondere Anstrengungen oder Diätfehler u.a.m. Bei chronischen Krankheiten kommt es während einer erfolgreichen homöopathischen Behandlung zu einer Abnahme der Krankheitsanfälle und zu einer Stabilisierung der Gesundheit. Die Kenntnis der Symptome und Zeichen der chronisch miasmatischen Krankheiten ist Voraussetzung für tief greifende Heilungsprozesse.

Obwohl homöopathische Arzneimittel nach anderen Kriterien verordnet werden als allopathische Medikamente, berücksichtigen Homöopathen auch schulmedizinische Untersuchungsergebnisse und Diagnosen. Diese benötigen sie sowohl zur Verlaufskontrolle, als auch aus Gründen der Sorgfaltspflicht.

Die alleinige Anwendung der Homöopathie ist möglich, wenn es die Krankheit zulässt und im Rahmen der Sorgfaltspflicht nicht andere Behandlungsmethoden notwendig sind. Aber auch begleitend zur konventionellen Medizin ist sie anwendbar, um den schon gebesserten Zustand des Kranken noch weiter zu fördern, Nebenwirkungen anderer Therapien zu reduzieren, eine Dauermedikation zu vermeiden oder einen Heilungsprozess in Gang zu bringen, der andere Maßnahmen überflüssig macht.